Kabupaten Penajam Paser Utara merupakan bagian integral dari wilayah Propinsi Kalimantan Timur yang dibentuk berdasarkan Undang-undang Nomor 7 Tahun 2002 tentang pembentukan Kabupaten Penajam Paser Utara di Propinsi Kalimantan Timur. Secara administratif pemerintahan terbagi dalam 4 kecamatan, 24 kelurahan dan 23 Desa.
Wilayah Kabupaten Penajam Paser Utara terletak antara 00o54’78” – 01o30’00” Lintang Selatan dan 116o7’40.54” Bujur Timur. Mencakup 4 (empat) Wilayah Kecamatan. Yaitu Kecamatan Babulu, Kecamatan Waru, Kecamatan Penajam dan Kecamatan Sepaku. Sedangkan batas-batas wilayah
administrasi Kabupaten Penajam Paser Utara adalah sebagai berikut:
Sebelah Utara : Kecamatan Loa Kulu dan Kecamatan Loa Janan Kabupateen Kutai Kartanegara
Sebelah Timur: Kecamatan Semboja Kabupaten Kutai Kartanegara, Kota Balikpapan dan selat Makasar.
Sebelah Selatan: Kecamatan Longkali Kabupaten Pasir dan Selat Makasar.
Sebelah Barat: Kecamatan Bongan Kabupaten Kutai Barat dan Kecamatan Longkali Kabupaten Pasir.
Luas wilayah Kabupaten Penajam Paser Utara terdiri dari 313.560 Ha yang terdiri dari 3,060.82 Km2 Wilayah berupa Daratan dan 272.24 Km2 berupa Lautan. Secara umum, sebagian besar belum terolah dan dibudidayakan pemanfaatannya. Dari data penggunanan lahan tahun 2005 terlihat bahwa 60 persen dari luas areal yang ada masih berbentuk hutan lebat. Sedangkan lahan yang sudah dimanfaatkan masing-masing adalah; pemukiman sebesar 0.9 persen, sawah seluas 1.5 persen, pertanian tanah kering seluas 3.43 persen, perkebunan seluas 3.9 persen, tambak seluas 0.23 persen dan industri seluas 0.09 persen.
Wilayah Kabupaten Penajam Paser Utara terdiri dari wilayah daratan dan perairan laut. Wilayah perairan laut terbesar ditiga kecamatan yaitu kecamatan Babulu, Waru dan Penajam dimana ketiga kecamatan tersebut berbatasan lansung dengan selat Makasar. Tinjauan dari aspek hidrologi terhadap Kabupaten Penajam Paser Utara menunjukkan bahwa keberaaan sistem drainase yang belum memadai menyebabkan banyaknya daerah genangan berupa rawa-rawa. Sementara itu, di beberapa wilayah pesisir terjadi kecenderungan meningkatnya abrasi pantai oleh air laut. Karena itu untuk menjaga kelestarian ekosistem wilayah pesisir, maka pengelolaan hutan bakau (megrove) perlu mendapat perhatian yang serius dari pemerintah daerah dan masyarakat setempat.
Berdasarkan kajian data lklim pada masing-masing kecamatan dapat diketahui bahwa rata-rata hari hujan di Kabupaten Penajam Paser Utara adalah sebanyak 10 hari perbulan dengan curah hujan rata-rata sebesar 230 mm perbulan. Sedangkan curah hujan diatas 300 mm perbulan terjadi antara bulan Desember sampai dengan Februari. Curah hujan sebesar 100 – 300 mm per bulan pada umumnya terjadi pada bulan Maret sampai bulan juni, dan pada bulan juli sampai bulan Oktober.
Kondisi iklim di wilayah Propinsi Kalimantan Timur menunjukkan bahwa karakteristik iklim di wilayah Kabupaten Penajam Paser Utara termasuk wilayah iklim tropika humida. Temperatur udara rata-rata sebesar 26: C dengan perbedaan temperatur pada waktu siang dan malam berkisar antara 5- 7 : C. Temperatur minimum terjadi antara bulan oktober sampai bulan Agustus, Berdasarkan pembagian iklim diwilayah Kalimantan Timur, Iklim Kabupaten Penajam Paser Utara termasuk zone 1 dengan rata-rata curah hujan berkisar antara 1500 sampai 2000 mm pertahun. Dengan tipe iklim E1 dan E2.
